Dreamweaverのテンプレート機能やライブラリ機能を利用すればサイトの共通パーツを一括して修正することが可能です。
しかし、これらの機能を利用するとHTMLファイル内にソフトが認識するためのコメントが付加されます。
このコメントを削除するためには、1ファイルずつ「HTMLのクリーンアップ」で削除可能ですが、ページ数が多くなると作業時間がかかるため、コメントの一括削除を別の方法で行います。

(1)「検索」を選択

「検索」を選択して緑色の三角ボタンをクリックします。

(2)「検索」オプション

検索実行画面で「ローカルサイト全体」で「ソースコード」を選択します。
この「ローカルサイト全体」を行うには、事前にサイト管理に登録する必要があります。
また、「正規表現を使用」にチェックを入れます。

最後に、検索文字を「<!--\s(.+)\s-->」として置換する文字を空にして全置換するとコメントタグ全てが削除されます。