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SQLはデータベースにあるデータを追加、削除、変更、参照等を行うためのプログラムです。
SQLを使うシーンとしては、サーバのコマンド画面(Windowsならコマンドプロンプト)やPerlやPHPといったCGIの中に記載して利用します。

データベースを利用したWebアプリケーションを設置する場合はサーバにWebサーバとデータベース以外にPHPなどCGIの環境が必要となります。
また、CGI側にはデータベースにアクセスできるモジュールが必要となります。データベースとCGIがある一般的なホスティングサービスの場合は気にする必要はありません。